主要包括：對認證機構及認證活動（僅限于產品認證階段）的監管、對獲證企業及其產品的監管、對證書及標志使用情況的監督檢查。
1．監管對象
監管對象是：認證機構（包括產地環境及產品質量檢測機構）、獲證企業及其產品。
需要注意的是：由于無公害農產品產地認定階段由農業行政主管部門負責，是行政管理部門的行政行為，因此無公害農產品認證行政監管應重點放在認證機構的認證過程有效性和產品認證標志使用規范性上。在監管中應注意區分認證機構的認證行為和地方農業行政部門的行政行為。對于涉及多個部門職責的，要按照《農產品質量安全法》、《國務院關于加強食品等產品安全監督管理的特別規定》（國務院令第503 號）的規定加強與相關監督管理部門的協調和配合。
還需注意的是，目前我國與無公害農產品認證類似的評價、評比或行政活動較多，如一些以地方法規的形式開展無公害認定、“GB”標志等評價活動。為與這些行為相區分，一般將依據《無公害產品管理辦法》開展的認證行為稱為“全國統一的無公害農產品認證”。目前法律、法規并未規定只有獲得“全國統一的無公害農產品認證”產品才能使用“無公害”一詞作為商品名，但只有認證的產品才能使用無公害農產品認證標志。因此對于無公害農產品認證的監管執法范圍應限于“全國統一的無公害農產品認證”。
2．監管要點
(1)對認證機構及認證活動（僅限于產品認證階段）的監管
主要形式為國家認監委、省級認證監管部門組織的監督檢查、縣級以上認證監管部門對認證活動的現場監督,并以根據獲證產品質量監督抽查不合格結果進行追溯、對認證過程及其結果的申訴/投訴進行調查處理為輔助手段。通過現場檢查有關文件和記錄（如：認證機構批準書、認證合同（獲取清單并抽查）、認證證書、特定（可能存在問題）的認證檔案（至少應包括：申請資料、檢查計劃、產地認定資料、認證檢查報告、產品及產地環境檢測報告）等）、監督現場檢查
過程，重點關注以下問題：
亂收費。按《無公害農產品管理辦法》規定，“從事無公害農產品的產地認定的部門和產品認證的機構不得收取費用”，現場檢查中發現存在收取認證（咨詢）費用行為；
增加、減少、遺漏認證基本規范、認證規則規定的程序。如：產地環境、產品未經檢測或檢測項目不完整；需要對產地進行現場檢查卻未進行檢查；
認證檔案不完整。如：缺少認證檢查計劃、檢查報告等認證記錄；
未對獲得認證的產品進行跟蹤檢查。如：產品監督抽查出現不合格后，認證機構沒有暫停認證證書；產地認定證書被撤銷后，認證機構沒有撤銷認證證書；
認證機構出具虛假的認證結論，或者出具的認證結論嚴重失實。如：認證檔案中反映獲證企業、產品存在嚴重不符合認證要求的情形（如：使用禁用物質；產地環境質量狀況不符合要求；記錄不全，生產過程不具有可追溯性；未建立管理體系，或建立的管理體系未有效實施；未按照認證機構規定的時間完成整改、或提交整改措施；所提交的整改措施未滿足認證要求），而予以認證通過。
(2)對獲證企業及其產品的監管
主要形式為所在地縣（市、區）質監部門對獲證企業的日常監管（巡查）；國家認監委、省級認證監管部門組織的對獲證企業及產品的專項監督檢查（抽查）；市、縣質監部門組織實施的產品質量定期監督檢查。通過檢查獲證企業有關文件和記錄（如：認證證書、產地認定證書、產地環境檢測報告、產品檢測報告、生產管理記錄等）、現場檢查產品標志使用情況，可能發現以下問題：
偽造、冒用、轉讓、買賣無公害農產品產地認定證書、產品認證證書和標志。如：未取得認證而使用認證標志；利用他人證書經復印、涂改偽造證書；
獲證企業及其產品不符合認證要求。如：無公害農產品產地被污染或者產地環境達不到標準要求；無公害農產品產地使用的農業投入品不符合無公害農產品相關標準要求；產品經檢測不符合無公害農產品質量標準要求；
擅自擴大標志使用范圍。如：產品類別（品種）、數量與認證證書不一致；產地與認定證書不一致；
逾期使用認證標志。如：認證證書、產地認定證書有效期屆滿仍繼續使用認證標志。
（3）對證書及標志使用情況的監管
主要形式為各級認證監管部門組織實施的專項監督檢查。通過在流通領域對證書及標志使用情況的檢查，可能發現以下問題：
偽造、冒用、轉讓、買賣無公害農產品產地認定證書、產品認證證書。如：利用他人證書經復印、涂改偽造證書；
偽造、變造、盜用、冒用、買賣和轉讓無公害農產品標志。如：未取得認證的產品使用非法印制的認證標志、或使用其他獲證企業已獲證產品的認證標志；獲證企業將其認證標志轉賣給其他未獲證企業使用；
擅自擴大標志使用范圍、逾期使用認證標志（同上條）。
除國家認監委的“中國食品農產品認證信息系統”對無公害農產品認證數據進行定期更新外，目前無公害農產品標志還采用傳統靜態防偽技術和防偽數碼查詢功能。如刮開標識的表面涂層或在標識的揭露層可以看到16 位防偽數碼，通過輸入此防偽數碼查詢。有兩種方式可進行查詢：一是通過短信，輸入防偽數碼發送到1066958878；
二是登錄認證機構網站（
http://www.aqsc.gov.cn）防偽查詢欄目，輸入防偽數碼進行查詢。
在行政監管中發現的違法違規行為及其法律責任見第四章。
